南京水利科学研究院（Nanjing Hydraulic Research Institute）简称南京水科院，是中国综合性水利科学研究机构、国家级社会公益类非营利性科研机构。
南京水利科学研究院始建于1935年，原名中央水工试验所，是我国最早成立的综合性水利科学研究机构；2001年被确定为国家级社会公益类非营利性科研机构。主要从事基础理论、应用基础研究和高新技术开发，承担水利、交通、能源等领域具有前瞻性、基础性和关键性的科学研究任务。兼作水利部大坝安全管理中心、水利部水闸安全管理中心、水利部应对气候变化研究中心、水利部基本建设工程质量检测中心、水利部水文仪器及岩土工程仪器质量监督检验测试中心。是全国创新人才培养示范基地和全国青少年科技教育基地，荣获“全国专业技术人才先进集体”称号。
历经80多年的发展，南京水科院已发展成为拥有50多个具有鲜明特色和优势的专业研究方向、在国内外具有重要影响的水利科研机构。现设水文水资源研究所、水工水力学研究所、河流海岸研究所、岩土工程研究所、材料结构研究所、大坝安全与管理研究所、水利部农村电气化研究所、水利部南京水利水文自动化研究所、农村水利研究所、生态环境研究所、海洋资源利用研究中心等研究机构和南京瑞迪建设科技有限公司等研发机构。建有水文水资源与水利工程科学国家重点实验室和国家级国际联合研究中心，以及水利、交通、能源行业9个部级重点实验室、技术研发中心、工程技术研究中心。承办并定期公开出版8种学术期刊（包含英文期刊）。建有院本部科研及科技创新基地、铁心桥水科学与水工程实验基地、滁州水文实验基地和国家防汛抗旱总指挥部办公室防洪演练基地、杭州农村电气化与再生能源研发基地、当涂科学试验及科技开发基地、无锡河湖治理研究基地。
南京水利科学研究院立足于水利、交通、能源领域科学研究和高层次人才的培养，是国家首批相关学科博士、硕士学位授予权单位，现设有水利工程一级学科博士点、岩土工程学科博士点，水利工程、土木工程、材料科学与工程一级学科硕士点和环境工程等学科硕士点，设有水利工程博士后流动站，至今已培养博士、硕士研究生以及博士后近900余人。清华大学、河海大学、武汉大学、四川大学等国内知名高校在我院设有研究生教育培养基地。2019年成立研究生院，建有研究生教育中心，为研究生学习生活提供有良好的保障条件。
