培养目标不同、报考条件不同、招生专业不同、调剂要求不同、入学难度不同、收费标准不同、学制不同、导师制度不同、学位论文不同、读博方式不同。
培养目标不同：专硕以专业实践为导向，重视实践和应用；学硕以研究为导向，偏重理论和研究。
培养方式不同：专硕注重培养学生研究实践问题的意识和能力，在学习过程中，至少有为期半年的实践环节；学硕侧重于加强基础理论的学习，重点培养学生从事科学研究创新工作的能力和素质。
报考条件不同：专硕，部分专业报考要求和学硕相同，但其中工商管理、公共管理、工程管理、旅游管理、工程硕士中的项目管理、教育硕士中的教育管理、体育硕士中的竞赛组织专业，报考条件为：本科毕业+3年以上工作经验；或获得国家承认的高职高专毕业学历或本科结业后，符合招生单位相关学业要求，达到本科毕业同等学历并有5年以上工作经验；或获得硕士或博士学位后有2年以上工作经验。学硕，国家承认的本科应届毕业生（普通高校、成人高校、普通高校举办的成人高等学历教育应届本科毕业生）及自学考试和网络教育届时可毕业本科生，录取当年9月1日前须取得国家承认的本科毕业证书；具有国家承认的大学本科毕业学历的人员；获得国家承认的高职高专毕业学历后满2年（从毕业后到录取当年9月1日，下同）或2年以上的，以及国家承认学历的本科结业生，符合招生单位根据本单位的培养目标对考生提出的具体学业要求，按本科毕业生同等学历身份报考；已获硕士、博士学位的人员。
招生专业不同：专硕招生比较有针对性，包括40个专业：金融、应用统计、税务、国际商务、保险、资产评估、审计、法律、社会工作、警务、教育、体育、汉语国际教育、应用心理、翻译、新闻与传播、出版、文物与博物馆、建筑学、工程、城市规划、农业推广、兽医、风景园林、林业、临床医学、公共卫生、护理、药学、中药学、中医、军事、工商管理、公共管理、会计、旅游管理、图书情报、工程管理、艺术等。学硕，包括哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、军事学、管理学、艺术学13大学科，及下设的一级学科、二级学科，涵盖所有的专业方向。
调剂要求不同：调剂基本条件，初试科目与调入专业初试科目相同或相近，其中统考科目原则上应相同，学硕的考试科目一般可以涵盖专硕的初级科目或达到专硕的考试难度，因此调剂一般为学硕向专硕调剂。专硕的考试科目和考试难度决定了它几乎没有调剂到学硕的可能性，就是学硕可以调剂到专硕，但专硕不能调剂到学硕。临床医学类专硕相反，专硕的考生可以调剂到其他专业，但其他专业的考生（含医学学术学位）的考生不能调剂到临床医学类专业学位。
入学难度不同：对大部分专业来说，专硕难度较学硕略低。专硕公共课英语多考英语二，学硕英语多考英语一，难度较大。专硕补考公共课数学或考数三、经济类联考综合能力，难度相对较小；学术数学考数一、数二、数三、数学（农）或招生单位自命题理学数学，难度较大。
收费标准不同：学硕收费标准，原则上每年硕士生不超过8000元、博士生不超过10000元。
学制不同：专硕学制一般为2-3年，学硕学制一般为3年。具体情况依各招生单位当年政策为准。
导师制度不同：专硕实行双导师制，学硕实行单导师制
学位论文不同：专硕的论文必须强化应用导向，形式可多种多样。学硕强调科学理论研究与原创学术创新，形式相对传统，一般为学术性论文。
读博方式不同：专硕一般不能硕博连读，硕士毕业后进行考博。学硕可以通过自己的导师直接读博，不用参加全国统考，也就是我们所说的直博或硕博连读。
